test: 完善多份测试用例的类型标注与校验逻辑

1. 为多个测试函数补充pytest.CaptureFixture[str]类型注解
2. 为graphlib类型声明文件补全方法参数类型
3. 为pdftool测试的mock函数添加Any类型标注
4. 新增数据库连接非空校验断言
5. 优化emlmanager测试的字典展开格式与修复decode测试bug
6. 为gittool测试添加命令类型列表校验
7. 为envrs测试添加pyrefly忽略注释

tests/cli/test_envrs.py

@@ -48,6 +48,7 @@ class TestSetRustMirror:
     def test_set_rust_mirror_unknown_uses_default(self, tmp_path: Path) -> None:
         """Should use default mirror for unknown mirror name."""
         with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path):
+            # pyrefly: ignore [bad-argument-type]
             envrs.set_rust_mirror("unknown")
             # Should use default mirror (tsinghua)
             assert os.environ.get("RUSTUP_DIST_SERVER") == "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/rustup"